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合同作废的处理方式需要根据具体情况进行，但一般而言，可以通过以下步骤来妥善处理：
1. 双方协商一致
首先，应当由合同双方进行充分沟通，达成一致意见。合同作废应基于公平、自愿的原则，任何一方不得单方面决定合同的废止。双方可以在友好协商的基础上，就合同作废的具体条款达成一致，并形成书面协议，明确双方权利义务关系的变化。
2. 签署终止协议
一旦双方同意合同作废，应签署一份正式的终止协议。这份协议应详细记录合同的编号、签订日期、原合同内容以及终止原因等信息。此外，还应该包括对已完成部分的工作或服务的结算方式、未完成部分的责任分配、违约责任及赔偿措施等内容，确保双方权益得到合理保护。
3. 归档保存
将终止协议及相关文件妥善归档保存，作为日后可能出现争议时的重要证据。同时，及时通知相关第三方（如担保人、监管机构等），告知合同已作废的事实。
4. 履行后续义务
根据终止协议中的约定，履行各自的义务，比如支付剩余款项、返还物品等。若存在任何未尽事宜，应在终止协议中予以明确说明，并制定解决方案。
5. 法律咨询
在处理合同作废过程中，如果遇到复杂情况或有法律风险，建议寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益不受侵害。
通过以上步骤，可以有效处理合同作废问题，避免后续可能出现的纠纷。